蒙古历史学系成立于2010年，是学校为培养国家、自治区历史、文化、旅游等各类社会人才而设立的相对独立的办学单位，学生党团工作由蒙古学学院管理。师资力量主要依托在国内外学界久负盛名的蒙古与北方民族史研究机构——蒙古史研究所和内蒙古近现代史研究所。

蒙古历史学系实行系所合一办学体制，现有蒙古史研究所、内蒙古近现代史研究所、蒙古史档案文献中心、旅游管理（2006年开始招生）、历史学（2010年开始招生）、文物与博物馆学（2021年开始招生）和蒙古高原历史地理与科技考古研究中心等科研教学机构。

历史学 为加强蒙古史学科建设和发展，培养本学科及相关学科高层次人才以及社会所需历史、文化等各类人才而设立的专业。自2010年起招生，现有本科生145人。本专业现有专职教师18人，其中教授5人，副教授7人，讲师6人。专职教师全部具有博士学位。本专业的主要教学目标是培养蒙古史学科人才，以及国家与自治区史学及相关学科专业的优秀人才。本专业要求学生掌握史学基础知识和理论，鼓励学生学习蒙古史学科语言以及掌握民族史研究方法与技能。

旅游管理  2006年开始招生，当时隶属于蒙古学学院。2010年并入蒙古历史学系，现有本科生53名。本专业现有校内专职教师7人，校外兼职教师5人。校内专职教师中教授2人，副教授3人，讲师2人。专职教师全部具有博士学位。本专业的主要教学目标是，为国家与自治区培养具备蒙古历史文化知识旅游管理人才。本专业要求学生掌握旅游管理学的基础理论与知识技能，具备现代旅游从业人员应有的专业素养，在旅游企事业部门从事管理、规划、教学、科研等工作能力。

文物与博物馆学 以内蒙古自治区丰富的文物资源为基础，适应文化遗产保护需求，为区内外相关单位培养文博人才而兴办的本科专业。2012年获批设立，现有本科生43人。本专业现有校内专职教师6人，校外兼职教师5人。校内专职教师中教授2人，副教授2人，讲师2人。专职教师全部具有博士学位。文物与博物馆学专业立足于培养相关学科高层次人才以及社会所需历史、文化等各类人才。

蒙古历史学系的本科生、硕士研究生、博士研究生可享受国家助学金、励志奖学金、乌兰夫奖学金、专业奖学金、求是奖学金、光华奖学金、丸山奖学金、宝钢奖学金等诸多面向全校学生的奖助学金。还可享受专门为本系本科生、硕士研究生设立的札奇斯钦·张乃新专项奖助学金，为莘莘学子实现理想抱负创造了良好的条件。

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